Dużo zmian od środka
Wiele zmian wprowadzonych do nowego aparatu względem D80 uwidocznia się w momencie gdy wejdziemy do menu lustrzanki. Zakres dostępnych funkcji pokazuje wyraźnie, iż wiele rozwiązań zostało zaczerpniętych z modeli profesjonalnych. Nic w tym dziwnego – skoro wspólne są procesor obrazu i (w pewnym stopniu) matryca, to i sposób obsługi aparatu jest podobny.
W Menu odtwarzania na pozór nie zaszły żadne zmiany w stosunku do D80. Jedynie animowany pokaz slajdów (Picmotion) przeniesiony został na "wierzch" tej zakładki.

Nikon D90 - Menu odtwarzania.

Również Menu fotografowania ma strukturę niemal identyczną co w D80 – i to należy zaliczyć na duży plus w kontekście tego, co dzieje się w tym menu w profesjonalnym D300. Pozycje takie jak Aktywny folder są na właściwym miejscu – czyli na końcu listy. Mniejsza liczba dostępnych opcji i bardziej przemyślany układ czynią tę zakładkę dużo bardziej czytelną niż w profesjonalnych modelach Nikona.

Menu fotografowania niemal nie różni się od tego z modeklu D80.

Na pierwszych pozycjach Menu fotografowania zobaczyć możemy natomiast funkcje związane z jedną z ważniejszych cech odziedziczonych przez D90 z profesjonalnych modeli Nikona, czyli wspomniane już Ustawienia przetwarzania obrazu (Picture Controls). Również mechanizm ustalania balansu bieli jest podobny (chociaż korzysta z innej matrycy pomiarowej) co w D300.
Kolejnym elementem przejętym z D300 i pozostałych modeli profesjonalnych jest mechanizm automatycznego ustalania czułości ISO. W razie potrzeby podnosi on czułość matrycy maksymalnie do zadeklarowanego wcześniej (w zakresie 400 ISO – HI-1) poziomu, przy czym próg zadziałania automatu również można zdefiniować deklarując minimalny akceptowalny czas ekspozycji. Nieco łatwiejsza niż w D80 jest za to konfiguracja tego automatu, gdyż wszystkie ustawienia zgromadzone zostały w jednej pozycji w Menu fotografowania.

W D90, podobnie jak w D300, wszystkie ustawienia czułości matrycy zgromadzono w jednej pozycji menu.

Z mechanizmu znanego z D300 nowy aparat odziedziczył również inną, mniej znaną cechę – otóż nie tylko podnosi, ale i obniża czułość matrycy, gdy automatyka ekspozycji stwierdza, iż grozi prześwietlenia zdjęcia. Oznacza to, iż korzystając z automatyki ISO w trybie manualnym nie możemy prześwietlić ani niedoświetlić zdjęcia, o ile nie posłużymy się korektą ekspozycji.
Podobnie jak w pozostałych aparatach nowej generacji, w Menu fotografowania pojawiła się również Aktywna funkcja D-Lighting, czyli wyrównywanie rozpiętości tonalnej zdjęć w trakcie fotografowania. W stosunku do D300 sterowanie jej działaniem jest bardziej precyzyjne (doszły ustawienia Bardzo wysokie i Auto). Jak działa ona w praktyce, można zobaczyć naprowadzając kursor myszy na odpowiednią ikonkę umieszczoną pod poniższym zdjęciem.