Funkcjonalność i obsługa
Jak już wspomnieliśmy, sposób obsługi aparatu nie zmienił się zasadniczo wobec znanego z D40/D60. Większość parametrów pracy aparatu ustawiamy zatem korzystając z ekranowego menu, natomiast liczba funkcji dostępnych za pomocą dedykowanych przycisków jest minimalna (korekta i blokada ekspozycji). Brak również górnego wyświetlacza.

Dostęp do najważniejszych funkcji aparatu mamy za pośrednictwem wygodnego menu ekranowego.

Taka filozofia obsługi korzystna jest przede wszystkim dla początkujących: wszystkie ustawienia zgromadzone są w jednym miejscu, nie trzeba się zastanawiać, który przycisk nacisnąć, aby ustawić balans bieli, a który, by zmienić sposób pomiaru światła. Jeśli jednak zmian parametrów dokonujemy często, konieczność każdorazowego przebijania się przez menu może być uciążliwa. W pewnym stopniu zaradzić może tym problemom konfigurowalny przycisk funkcyjny, jednak przypisać można mu jedynie niektóre parametry (ale na przykład wyboru trybu pomiaru światła już nie!), a poza tym jest tylko jeden. Zatem szybko zmienić możemy albo balans bieli, albo czułość matrycy...

Podobnie jak w D60, do dyspozycji mamy dwie wersje ekranowego menu.

W stosunku do D40/D60 zwiększyła się natomiast liczba dostępnych funkcji, można na przykład szybko włączyć zapis zdjęć w RAW-ach.
Uciążliwą cechą Nikona D40 była jego powolność. Aktywowanie ekranowego menu następowało z irytującym opóźnieniem, przez co korzystanie z niego było dość uciążliwe. W D5000 po ślamazarności tej nie pozostało śladu. Aparat włącza się błyskawicznie, i tak samo reaguje na wydawane polecenia. Jest to z pewnością zasługa znanego z bardziej zaawansowanych modeli procesora Expeed zawiadującego pracą aparatu. Samo ekranowe menu ma konstrukcję znaną już wcześniej z D40/D60, i może mieś jedną z dwóch postaci: graficzną oraz klasyczną, alfanumeryczną. W zależności od upodobać można zdecydować, która z nich ma być wyświetlana w trybach P/A/S/M, a która w tematycznych. Zwiększyła się natomiast nieco liczba dostępnych z poziomu menu parametrów. Nowe pozycje to sposób przetwarzania obrazu, ustawienia funkcji D-Lighting oraz bracketing ekspozycji.
Co istotne, menu wyświetlane na wyświetlaczu dopasowuje się do jego orientacji, nie grozi nam zatem, iż będziemy zmuszeni odczytywać je bokiem czy też do góry nogami.

A w środku… D90
O ile zewnętrznie aparat bardzo przypomina D40/D60, to większość elementów składowych została zaczerpnięta z bardziej zaawansowanego D90. Przyczyny takiego postępowania są oczywiste: nawet, jeśli niektóre elementy, jak choćby procesor Expeed, mają "nadwyżkę mocy", to wykorzystanie sprawdzonych części pozwala znacząco obniżyć koszty zarówno projektowania jak i produkcji nowego aparatu.
Odpowiadająca za rejestrację obrazu matryca światłoczuła została wykonana w tej samej technologii (CMOS) co przetwornik profesjonalnego D300, i jest to najprawdopodobniej ten sam element, co zastosowany w D90. Współpracuje ona z procesorem Expeed i, podobnie jak w D90, oferuje jedynie 12-bitowe przetwarzanie obrazu (chociaż układ Expeed oferuje dokładność 16 bitów na kanał). Brak zatem możliwości zapisywania 14-bitowych RAW-ów, co nie dziwi w aparacie stricte amatorskim. Podobnie jak w D90 obligatoryjna jest również stratna kompresja zapisywanych RAW-ów. Zastosowanie wydajnego procesora pozwoliło dodać również funkcje nieobecne w pozostałych aparatach. W D90 pojawiła się możliwość korygowania geometrii zdjęć, jednak można ją było aplikować jedynie do już wykonanych zdjęć za pośrednictwem Menu retuszu. W D5000 mamy możliwość włączenia tejże korekty tak, że będzie ona wprowadzana "w locie" na podstawie informacji odczytanych z procesora obiektywu. Oczywiście obiektyw musi być "znany" aparatowi, co oznacza obiektywy produkcji Nikona. Należy się jednak liczyć z tym, iż owa korekta znacznie wydłuża czas przetwarzania zdjęcia (o ok. 1 sekundę). W dalszym ciągu brak natomiast analogicznej korekty winietowania, którą znaleźć można choćby w D300.

Drugim ważnym elementem zaczerpniętym z D90 jest 11-polowy układ pomiarowy autofokusa CAM-1000. Jest on modyfikacją elementu stosowanego wcześniej w modelach D80 oraz D200 i co najważniejsze, nie został funkcjonalnie upośledzony w stosunku do zastosowanego w D90. Oznacza to ogromny postęp w stosunku do 3-polowego autofokusa zastosowanego w D40/D60. Wszystkie tryby pracy układu automatycznego ustawiania ostrości działają bardzo szybko i sprawnie.

W D5000 zastosowano doskonale sprawdzony, 11-polowy układ automatycznego ustawiania ostrości.

Jest jednak zasadnicza różnica w stosunku do D90, która nie wszystkim przypadnie do gustu. Otóż D5000, podobnie jak D40/D60 pozbawiony jest sprzęgu mechanicznego napędu AF. Oznacza to tyle, że automatyczne ustawianie ostrości działać będzie wyłącznie z obiektywami z wbudowanym silnikiem. Starsze obiektywy, korzystające z napędu zapewnianego przez korpus, będą wymagały ręcznego ustawiania ostrości. Obiektywy współpracujące z D5000 bez ograniczeń to Nikkory z oznaczeniem AF-S, Sigmy z oznaczeniem HSM oraz pojedyncze modele Tokiny i Tamrona.

Nikon D5000 ma również kilka cech, których nie posiadał żaden wcześniejszy aparat Nikona. Jedną z nich jest cichy tryb wyzwalania migawki [Q]. Jego włączenie skutkuje tym, że po wykonaniu zdjęcia lustro nie jest natychmiastowo opuszczane, a dopiero po zwolnieniu spustu. W ten sposób dźwięk pracujących mechanizmów podzielony zostaje na dwie dyskretniejsze części. Należy przy tym zaznaczyć, iż nawet trybie seryjnym dźwięk pracujących lustra i migawki jest miękki i niezbyt głośny.

Nowością w D5000 jest tryb cichego wyzwalania migawki.