Jak jednak wiadomo, w aparacie ważny jest nie tylko układ rejestracji obrazu, ale też inne elementy świadczące o ergonomii i funkcjonalności. W tych dziedzinach amatorskie konstrukcje Canona zawsze stały nieco w tyle za odpowiednikami Nikona i innych producentów. Tutaj też EOS 40D wykazuje odznacza się największą liczbą innowacji.

Wizualnie najwięcej różnic pomiędzy Canonem EOS 30D a 40D można dostrzec na tylnej ściance aparatów. Uwagę zwraca obecność wielkiego, trzycalowego ekranu LCD oraz kilku dodatkowych przycisków.

Na pierwszy ogień idzie możliwość regulacji czułości matrycy. O ile sam zakres dostępnych wartości ISO nie zmienił się i nadal wynosi 100-1600 ISO z możliwością podbicia 3200 ISO, o tyle w modelu 40D nareszcie pojawiła się opcja automatycznej regulacji tego parametru w trybach kreatywnych (P, Av, Tv). Jednak w porównaniu z korpusami innych producentów nie jest ona aż tak atrakcyjna: umożliwia automatyczną regulację w zakresie 400-800 ISO z precyzją 1/3 EV bez możliwości ustawiania górnego czy dolnego progu.
Kolejną innowacją jest zmodyfikowany wizjer. Przede wszystkim jest on większy (zapewnia powiększenie 0,95x obrazu zamiast 0,90x), zaś matówka - jaśniejsza. Matówkę tę w dodatku można wymieniać, a sam producent przygotował trzy modele – oprócz dostarczanej z aparatem jasnej matówki Ef-A Standard Precision Matte dostępne są Ef-S Super Prevision Matte (ciemniejsza, lecz ułatwiająca manualne ustawianie ostrości) oraz Ef-D Precision Matte zaopatrzona w siatkę ułatwiającą kadrowanie. Dodatkowo w wizjerze przez cały czas podawana jest wartość czułości ISO, co pozwoli uniknąć wielu pomyłek fotografującym. W podobnym celu aparat ostrzega też użytkownika o włączonym trybie fotografii czarno-białej znaczkiem B/W.
Jednak najciekawsza innowacja zastosowana w Canonie EOS 40D wiąże się z wielkim, 3-calowym wyświetlaczem LCD. Jest to, jak można się domyślić, tryb Live View, czyli możliwość oglądania kadrowanej sceny nie tylko przez wizjer, ale też na ekranie w czasie rzeczywistym. W trybie tym włączenie autofokusa (za pomocą dodatkowego przycisku AF-ON) powoduje chwilowe opadnięcie lustra w celu dokonania pomiaru ostrości. Miłośnicy makrofotografii docenią możliwość pięcio- i dziesięciokrotnego powiększenia centrum kadrowanej sceny, natomiast wszystkim może się przydać symulacja ekspozycji oraz specjalny tryb Silent Shooting, w którym zdjęcia wykonywane są bez głośnego "kłapnięcia" lustrem.
Kolejne innowacje kryją się w menu aparatu oraz na pokrętle wyboru trybów. Z tym drugim związana jest (nareszcie!) obecność trzech trybów typu Custom, czyli definiowanych przez użytkownika. Za pomocą menu aparatu możemy dla każdego z nich przydzielić indywidualne parametry, takie jak tryb fotografowania, opcje ekspozycji, strukturę menu oraz ustawień dodatkowych. Niektórych fotografów zainteresuje też zapewne znany z profesjonalnego EOS’a 1D Mark III tryb zapisu zdjęć sRAW. Umożliwia on wykonanie mniejszych objętościowo zdjęć (np. na potrzeby publikacji internetowych) bez rezygnowania z zalet, jakie niesie ze sobą korzystanie z formatu RAW. Nie bez znaczenia jest również fakt, że na liście wyboru języków menu nareszcie znalazł się polski (dotychczas lustrzanki Canona go nie miały).

Canonowi EOS 40D towarzyszy nowy model gripa, wprowadzający do aparatu zupełnie nową funkcjonalność.

Kolejnym bardzo ciekawym elementem związanym z modelem EOS 40D jest jego dodatkowy uchwyt pionowy, zwany potocznie gripem. Urządzenie to nosi oznaczenie WFT-E3A, co u niektórych, bardziej zaznajomionych ze sprzętem Canona, może wywołać spory niepokój (dotychczas urządzenia te miały w nazwie skrót BG). Okazuje się bowiem, że oprócz swoich dwóch podstawowych funkcji (wsparcia dla dłoni podczas wykonywania zdjęć w orientacji pionowej oraz zasobnika na baterie) nowy grip zapewnia też bardzo rozbudowaną komunikację z komputerem. Ta nietypowa "stacja dokująca" dysponuje złączami Ethernet i USB oraz nadajnikiem WiFI.
Funkcjonalność tego urządzenia jest doprawdy imponująca: nie tylko pozwala na bezprzewodową oraz przewodową transmisję danych, ale umożliwia współpracę z modułem GPS oraz pozwala używać aparatu jako przenośnego dysku twardego. Moduł łączności występuje też w wersji niezależnej, niezintegrowanej z gripem, o symbolu WFT-E3. Ma on własny akumulator typu BP-511 (identyczny z tym, jaki znajduje się w korpusie lustrzanki). Może pełnić rolę serwera HTTP i FTP, oraz pozwala na zdalne sterowanie aparatem za pomocą komputera. Co ciekawe, do Canona EOS 40D pasują też gripy z modeli 20D i 30D, czyli BP-E2 oraz BP-E2N.