Olympus E-3 został zaprojektowany nie tylko jako aparat studyjny, ale również reporterski, do zadań terenowych. Z tego powodu zadbano, aby jego konstrukcja dawała ochronę przed niesprzyjającymi wpływami środowiska zewnętrznego. Do zabezpieczeń tych należą przede wszystkim uszczelnienia wszystkich złączy aparatu jak również lampy błyskowej i gniazda akumulatora. Pozwala to nawet ochlapać działający aparat wodą, bez groźby jego uszkodzenia.

Korpus Olympusa E-3 jest w całości wykonany ze stopów magnezu. Dzięki temu jest to szczelna konstrukcja, odporna na wstrząsy i uderzenia.

Również skorupa korpusu aparatu E-3 wykonana została specjalną techniką odlewniczą Thixomolding (opracowaną w Massachusetts Institute of Technology) ze stopów magnezu. Okrywa ona całkowicie elementy wewnętrzne aparatu, pozostając jednocześnie lekką i wyjątkowo odporną mechanicznie.