Gdy ukazała się pierwsza wersja cyfrowego PEN-a (E-P1), ujęła wszystkich wzornictwem utrzymanym w stylistyce retro. PEN E-P2 zewnętrznie od pierwowzoru różnił się nieznacznie – poniżej stopki lampy błyskowej pojawiło się złącze akcesoriów takich, jak elektroniczny wizjer. W wypadku przedstawiciela trzeciej generacji PEN-ów – modelu E-P3 – zmiany wizualne są już większe. By zwolnić miejsce na wbudowaną lampę błyskową, pokrętło wyboru ustawień aparatu przeniesiono na prawą stronę korpusu, co wymusiło też zmianę lokalizacji włącznika aparatu. Na tylnej ściance pojawił się z kolei przycisk aktywujący nagrywanie filmów zaczerpnięty z serii E-PL – ta nowinka ucieszy wszystkich korzystających z filmowych funkcji PEN-ów.

Mimo wprowadzonych w E-P3 zmian konstrukcyjnych udało się zachować charakterystyczną dla całej serii stylistykę. Po lewej E-P2, po prawej E-P3.

Zmian w sposobie obsługi aparatu jest jednak więcej niż wynikałoby tylko z powyższej reorganizacji. Większość przycisków zmieniła nieco przeznaczenie, a co ważniejsze funkcje aż pięciu elementów kontrolnych można zmienić w menu konfiguracyjnym aparatu: przycisków Fn i Fn2 , dwóch przycisków zintegrowanych z tylnym pokrętłem oraz przycisku nagrywania. Dzięki temu sposób obsługi aparatu można w dużym stopniu dopasować do własnych upodobań.

Choć na pierwszy rzut oka w E-P3 przybył tylko przycisk aktywujący nagrywanie, większość elementów kontrolnych zmieniła swe przeznaczenie w porównaniu z E-P2.

Pewną ciekawostką wprowadzoną w modelu E-P3 jest możliwość odkręcenia niewielkiego uchwytu z prawej strony korpusu poprawiającego komfort trzymania aparatu. Dzięki temu można nie tylko zmienić wygląd aparatu, ale przede wszystkim wymienić uchwyt na większy, bardziej komfortowy przy pracy z dużymi obiektywami.

Plastikowy uchwyt można łatwo zdemontować, gdyż mocowany jest śrubą z dużym nacięciem.

Sam korpus wykonany został równie solidnie, co poprzednicy. Samo wzięcie aparatu do ręki uświadamia, że podstawowym elementem konstrukcyjnym jest metal. Choć aparat sporo waży jak na tak niewielkie urządzenie, daje to komfort posługiwania się naprawdę solidnym narzędziem. Rozmiary aparatu są takie, że osoby o mniejszych dłoniach bez problemu mogą go trzymać jedną ręką.

PEN-a E-P3 można wygodnie trzymać zarówno jedną dłonią, jak i oburącz.

Podobnie jak we wcześniejszych modelach, gniazdo kart pamięci znajduje się we wnęce akumulatora, do której dostęp mamy od spodu aparatu. Ma to ten mankament, iż nawet niewielka stopka statywowa blokuje nam możliwość otwarcia pokrywy owej wnęki, uniemożliwiając szybką wymianę karty. Można było tego łatwo uniknąć umieszczając gwint statywu centralnie w osi obiektywu (gdzie zresztą powinien się znajdować, by ograniczyć zjawisko paralaksy podczas wykonywania panoram). Być może w takiej pozycji mocowanie kolidowałoby z którymś z wewnętrznych mechanizmów aparatu.

Gwint mocowania statywowego położony jest na tyle blisko wnęki akumulatora, że założona stopka blokować będzie dostęp do kart pamięci.

Z prawej strony aparatu znajdziemy klapkę, pod którą kryje się miniaturowe złącze HDMI oraz wspólne gniazdo przewodów połączeniowych USB oraz AV. O ile w modelu E-P2 klapka owa miała solidny zawias, w E-P3 zdecydowano się zamocować ją na dwóch wysuwanych zaczepach. Chociaż sprawiają one znacznie mniej solidne wrażenie, nie grozi ich wyłamanie, gdyż zostały wykonane z dość elastycznego tworzywa.

W modelu E-P3 zmieniono sposób mocowania pokrywy kryjącej złącza HDMI oraz USB/AV.